不过，这些抢劫者并没有难为侯爵的家人，因为那些女人和孩子原本都是印加大王的。他们把想要的东西都全部地抢去带走，而把不要的东西都丢在了屋子里，便扬长而去。
皮萨罗的办公大楼也遭到了抢劫，在这里，他们抢劫的物品更多更值钱。特别是在兵营的一个仓库里，他们看到耀眼的黄金几乎堆满了半个仓库。他们一辈子都没见到过这么多的金子。但是，托雷斯要求士兵把这些金子都集中起来，好集体分配。可是，士兵们看着这多的闪闪发光的金子，哪里还能记住指挥官的话，当即就把最好的黄金物品抢夺一番，然后，再把那些他们无法带走的金物留在了仓库里，派士兵们进行看守。
他们也对皮卡多的家里进行了抄家和抢劫。可是，这位年轻的单身汉并没有结婚，却住在一个单独的小院里。小院里也是一栋两层的小洋楼。小院里除过有几名看家护院的家奴，还有几位年轻漂亮的印第安女仆和女佣，但是这些女仆和女佣就像是他的妻妾一般穿戴整洁，明艳气派。他的家里就像是一个贵族的仓库，所有的名贵衣装和用品应有尽有，黄金白银都装满了两个大箱子。
当大逮捕和大清洗的任务完成之后，胡安·德埃拉达要求士兵们拥戴小阿尔马格罗接任政府首领，于是，士兵们将小阿尔马格罗扶到马上，列队围绕在他的身边，喊着“国王认命的侯爵阿尔马格罗万岁”的口号，带着他在大街上和广场上游行。那些阿尔马格罗集团的人都朝着小阿尔马格罗围拢而来，很快就形成了一个非常众多的游行队伍。
接着，他们一起来到了政府办公大楼前面，将政府大楼里的所有人都带到了小阿尔马格罗的面前，让他们一个一个地向小阿尔马格罗进行表忠，承认小阿尔马格罗的权力。许多人出于无奈，就言不由衷地表示自己愿意在小阿尔马格罗的领导下工作。可是，也有一些人并不想表态。于是，胡安·德埃拉达就马上宣布解除这些人的职务，让智利帮的人接替上任。等所有的人都表过态之后，胡安·德埃拉达让所有的职员宣誓效忠于小阿尔马格罗。最后，在一队全副武装骑士的护卫和簇拥下，小阿尔马格罗穿着总督的礼服，来到了挤满人群的广场，在军号声经久持续的吹奏声中，由法官宣布小阿尔马格罗为秘鲁总督和当地政府的首领。
而此时，皮萨罗和堂兄阿尔坎塔拉、副官查维斯，还有那几个卫兵的死首还停放在血泊之中。他们的尸体因为被砍得血肉模糊，几乎让人辨认不清。有人就站在广场上高声喊道，“把那个恶霸和同党的尸首吊在绞刑架上示众。”顿时，广场上就有许多人跟着喊了起来，“把那个恶霸吊起来示众。”
听到喊声，小阿尔马格罗吓了一跳，就马上把胡安·德埃拉达叫到身边，对他低语说，“别让他们这样做，要不，你去让他们的亲人和家人把他们的尸首快快地埋了，免得夜长梦多。”
胡安·德埃拉达也觉得不能这样做，因为这样很容易引起皮萨罗同伙和同党的血腥报复。他对小阿尔马格罗说，“已经有人来请求了，要求把他们的尸体快快的掩埋，因为天气很热，很容易腐烂发臭。”
小阿尔马格罗说，“就让他们快快地掩埋，就说是我批准的。”
胡安·德埃拉达说，“我马上派人去通知他们的家人。”说着，便把身边的一位士兵叫到了身边，对他低声耳语了几句。那个士兵就偷偷地跑到了皮萨罗的家中，把这个消息告诉了皮萨罗的那个妻子，也就是那个印加公主。印加公主和一位忠诚的仆人带着几个黑人家奴用一床棉被把皮萨罗的身体裹着。而其他那些人的家人也都秘密地接到了通知，把阿尔坎塔拉、查维斯和那些卫兵的尸体用毛毡包裹着带走了。
为了保密和不被人注意，他们一直等到天黑之后，才把皮萨罗的尸体让人抬着来到了大教堂。在几枝小腊烛微弱的烛光下，他们雇人在教堂一个昏暗偏僻的角落挖了一个坑穴，将死者的尸体裹着紫色丝绒的毛毡里，装进一个绑着金制丝带的大木箱里，然后匆匆地下葬。在场的只有他的妻子和几位十分卑微的仆人在为他祈祷。这就是这个秘鲁征服者的悲惨下场。
可是，就是这个人，在一天之前，还在这块土地上称王称霸，就跟这块土地的世袭君王印加王一样施行着专制独裁的统治。可他却在光天化日之下，在他自己首府的中心，却被那些曾经的同伙，并与他分享过他的胜利和战利品的人们，要去了他的性命。他像一个可怜的被遗弃者一样死掉了。甚至没有一个人说一声“上帝饶恕他”。
几年之后，当这个国家恢复了平静，皮萨罗的遗体被重新安放在一具豪华的棺木里，埋在大教堂引人注目的一座纪念碑下。到了1607 年，也就是在他死去的第53年那年，和平友善的气氛就像帷幕一样将过去笼罩了起来。这时，人们已经渐渐地忘掉了他的罪恶和过错，而想起了他在殖民扩张过程中对西班牙及其王室所做出的巨大贡献，考虑起他应该所享有的崇高威望，于是，将他的尸骨又移放在了新教堂之中，并准许将他的尸骨与秘鲁英明而有威望的总督门多萨的尸骨并排安放。
他死时将近65岁，一生都未结过婚，但有人说他曾在巴拿马与督军的婶婶结了婚，可是，这只是传说，而更多的人则相信他没结过婚，他自己也是这样对别人说的。但是他与一位印加血统的印第安公主生了一子一女。而这位公主就是印加王阿塔瓦尔帕的女儿，印加伟大的印加王瓦伊纳·卡帕克的孙女。这位公主在皮萨罗死后嫁给了一位名叫安普埃罗的西班牙骑士，并和他一起移居西班牙。儿子没有活到成年，而女儿弗朗西斯卡一直在陪伴着她。后来，这位女儿与她的伯父埃尔南多·皮萨罗在狱中结婚。因为她是个非婚生子女，弗朗西斯科·皮萨罗侯爵的称号和财产都没有让她继承。但在菲利普四世统治时期，因为感激他的祖先为国家和王室做出的巨大贡献，国王授予埃尔南多·皮萨罗的后代唐胡安·埃尔南多·皮萨罗为征服侯爵，并从政府领取丰厚的津贴。
在他死后，人们逐渐开始用客观公正的目光评判起这位秘鲁的征服者。他身材高大，体型匀称，面目并非像有些人想像的那样狰狞和可恶，虽说并不英俊，但至少还算正端，不让人觉得讨厌。他喜欢穿那件黑色的长礼服，戴着那顶白色的礼帽，穿着一又白色的皮鞋。凡是所有重大和正式的场合，他几乎都是这身装束。他喜欢喝酒，但很有节制，平时喝酒多半是为了应付客人或是招待下属。他喜欢赌博，只是为了过把瘾，从不把赢输看得很重，也不计较对方是高官还是士兵。不管输得再多都不会气恼，如果看到有人输不起，他宁可让自己成为输家，把赢来的钱都还给输者。
他是一名军人，具有军人的风度，做事简单利落，从不拖泥带水，毫无宫廷的矫饰，所以，这就让人感觉他有种喜欢发号施令的习惯和风格。他猪倌出身，大字不识，但却从不出言不雅或是是满口俚语，更没有那种粗野的乡土气。他能言善辩，有些哗众取宠，但却让人感到具有说服力。
他一直把这个被他征服的国家当成了自己的家，对工作充满着激情和干劲。他每天天不亮就起床，准时开始办公，从不为困难所吓倒。他非常地贪婪，也善于挥霍，因为他获取的钱财非常之多，所以，他总是把大量的金钱花在事业上，花在建筑工程上，花在改善公共设施上。有些建筑和设施非常地花钱，可他从不为此担心和计较，因为无论盖再多的房子和修再多的道路，他的钱总是花不完。而且，他还会把许多的金钱花在或是分给他的将领和部下。而王室答应给他的一处领地和两万名奴仆的丰厚的恩赐却从未兑现。他的后嗣也从未从中获益。
没有文化是弗朗西斯科·皮萨罗的一大缺点。本来，他是打算学习识字和写字，可是，他急躁的性格和火暴的脾气使他最后又放弃了。他没有一点文化，连自己的名字都不会写，所以，他在签发分配印第安人名单和一切文件时，只能在上面划两道杠杠，然后由安东尼奥·皮卡多在文件上签上弗朗西斯科·皮萨罗的大名。
他谨小慎微，诡计多端，但往往优柔寡断。他有个习惯，每当有人向他提出要求时，他总会先说不行。一切说话算数的人都会这么说。虽然他会这么说，但只要没有困难，他还是会满足人们的要求。在这方面，他和唐迭戈·德阿尔马格罗正好相反，阿尔马格罗会对所有的人都说行，但他的话却很少能兑现。
皮萨罗的背信弃义是出了名的。这给他造成了非常不好的声誉，并给他自己造成了悲惨的毁灭性后果。由于他背信弃义地对待阿尔马格罗，他受到西班牙有识之士的疏远。由于他对阿塔瓦尔帕以及后来对印加王曼科的背信弃义的行径，使得秘鲁人对他深恶痛绝。所以，皮萨罗的名字也就变成了背信弃义的别称。为了对他进行报复，曼科则在一场暴动中几乎差点就推翻了他的统治。而阿尔马格罗则与他展开了一场相互厮杀的内战。这场内战的最终结果，就是他的敌人以一次密谋结束了他的生命。所以，有人说皮萨罗是一个狡诈的人，但不是一个精明的人。
在皮萨罗来到印加帝国之前，这里是一个文化艺术很先进的国家：人们在现存的风俗和制度下生活得宁静平和且无忧无虑。群山和高原上遍地是白色的羊群；溪谷充满着精心耕作的果实；粮食满仓满囤；整个国家丰衣足食，欢欣鼓舞。在单纯温和的迷信形式的影响下，这个民族变得诚实而善良，很适于接受一种较高的或是基督教的文明。
但是，皮萨罗根本没有传播基督教文明，而是用征服的手段在奴役这个国家。在他的武力之下，神圣的庙宇和宗教被贪欲亵渎；城镇和村庄横遭抢劫；可怜的土著人像奴隶一样被分配，或是成为了征服者的苦力；羊群被恣意抢杀，仓库里的粮食被随意糟塌。美好的土地和家园遭致劫难，陷于极端的衰败。一个强盛的印加帝国就这样毁在了他的手里。
皮萨罗不但没有从印加古老的文明中吸取益处，反而把这块土地上的文明痕迹尽快地抹去。事实上，他来这里的目的并非传达文明，而是掠夺黄金，抢夺财富，用征服的手段严酷地奴役印第安人。所以，他冒险与征服的主导宗旨就是赤裸裸的贪婪和野心。他与其部下来到这个陌生帝国的原动力就是对黄金的贪欲。这是他们为之奋斗的全部意义。如果从这一点来评价他的命运，他的死也应该是罪有应得。